Avföringens lukt är främst kopplad till förruttnande processer som påverkar aminosyrorna som släpps från tarmabsorptionen. Dessa näringsämnen fångas faktiskt upp av kolonbakterierna och genomgår en dekarboxyleringsprocess som producerar följande giftiga aminer:
arginin → agmatin
cystin och cystein → merkaptan
histidin → histamin
lysin → kadaverin
ornitin → putrescine
tyrosin → tiratina
tryptofan → indol och skatol
Många av dessa ämnen ger avföringen en särskilt obehaglig lukt. Avföringen blir ganska illaluktande även när de stannar kvar i tarmen under en längre tid, liksom i de tidigare nämnda fallen av malabsorption (celiaki, bukspottkörtelinsufficiens, tarminfektioner, Crohns sjukdom, ulcerös kolit, korttarmssyndrom, cystisk fibros, lever sjukdom och gallvägar och magsjukdomar åtföljda av hypoklorhydria). När malabsorptionen huvudsakligen är protein, är lukten av avföring illamående, medan den blir sur och penetrerande när stora mängder oabsorberade eller dåligt smälta sockerarter och stärkelser anländer till tjocktarmen, sedan fermenteras av den lokala floran med produktion av flyktiga fettsyror .
Vegetarianens diarré och avföring luktar illa.
Avföring med lukt av fisk eller spermier är karakteristisk för bacillär dysenteri, kolera och mer allmänt för slemhinnor.
Sammanfattningsvis påverkas lukten av avföring därför av matvanor (mängd protein, aromatiska livsmedel som vitlök eller lök, etc.), av tarmbakterieflora, av hälsotillståndet och av särskilda vanor (som rökning eller tuggning I allmänhet hjälper konsumtionen av små och välbalanserade måltider, utan att förena stora mängder med "inkompatibla" livsmedel (se dissocierad kost), att optimera matsmältningsprocesser, minska förekomsten av störningar som meteorism och flatulens och ge pall en sui generis lukt.
Alla fall där avföringens dåliga lukt åtföljs av symptom som svart, tjära eller blek avföring, förekomst av blod i samma, feber, frossa, svåra magkramper, riklig närvaro av slem i avföringen och viktminskning.
