Rötningen av kolhydrater börjar i munhålan och fortsätter i tarmen, där de olika näringsämnena absorberas. Syftet med denna process är hydrolys av disackariderna, oligosackariderna och polysackariderna till de enskilda monosackarider som utgör dem, för att göra dem absorberas av tarmslemhinnan. För det som har sagts kräver de sockerarter som introduceras med kosten, såsom glukos och fruktos, ingen matsmältningsprocess och absorberas som sådana. Glukos absorberas i synnerhet av aktiv transport, medan fruktos passerar tarmslemhinnan genom underlättad diffusion; det följer att levulosen absorberas långsammare och detta bidrar till att sänka det glykemiska indexet.
Stärkelse utgör den övervägande delen av komplexa kolhydrater som tas i en balanserad kost; den består av många glukosenheter kopplade ihop på ett linjärt (amylos) och grenat (amylopektin) sätt och introduceras huvudsakligen genom potatis, baljväxter, spannmål och derivat, såsom pasta och bröd. Dess matsmältning börjar i munnen, där den attackeras av saliv-α-amylaser, som frigör maltos och isomaltos (disackarider bildade genom sammanslutningen av två glukosenheter, respektive förenade med α-1,4 och α-1,6-bindningar), maltotriose (den här gången finns det tre glukosmolekyler) och dextriner (7-9 enheter glukos, med närvaro av en gren). munhålan.
Aktiviteten hos saliv α-amylaser stannar i magen på grund av surheten som kännetecknar magmiljön. Kolhydraternas matsmältning återupptas och slutförs i tunntarmen, tack vare den kombinerade verkan av bukspottkörteln och tarmsaften. Först finns det ett a-amylasenzym som liknar saliv, som som sådant omvandlar stärkelse till maltos och dextriner. Dessa kan inte hydrolyseras av bukspottkörtelamylaser och genomgår verkan av speciella deramifierande enzymer (α-1,6 glykosidas, α-dextrinas eller isomaltas) som finns i tunntarmens epitelceller. På denna nivå hittar vi ytterligare enzymer involverade i matsmältningen av disackarider; sukras, till exempel, leder till bildandet av glukos och fruktos utgående från en sackarosmolekyl och tillhandahåller hydrolys av maltos och maltotriose i synergi med enzymet maltas; slutligen smälter laktas mjölksocker genom att bryta ner det till glukos och galaktos (bristen på detta enzym, mycket vanligt i vuxen ålder, särskilt i svarta populationer, är ansvarig för laktosintolerans).
När matsmältningen av kolhydrater till de enskilda monosackariderna som utgör dem är klar är sockren redo att absorberas. Som förväntat kan denna absorption ske genom underlättad diffusion (fruktos) eller genom aktiv transport (glukos, galaktos).
Alla kolhydrater som introduceras med kosten är smältbara och även stärkelsen i sig, särskilt om den är rå, kan vara svårsmält. Vissa grönsaker, som baljväxter, innehåller till exempel osmältbara oligosackarider (raffinos, verbascose och stachyose). Detsamma gäller kostfiber, inklusive cellulosa. Smältningen av dessa kolhydrater är istället möjlig för andra djur, såsom idisslare, och för bakterierna som finns i vår tjocktarm. Dessa mikroorganismer jäser de fibrer som producerar kostfiber med en laxerande, trofisk effekt för tjocktarmslemhinnan och värdefulla för hela organismens allmänna hälsa.
