Pallens pH är normalt neutralt eller svagt alkaliskt (6,8 - 7,5). Mer sura avföring, endast fysiologiskt hos nyfödda, kan tyda på tarminfektioner (Escherichia coli, Rotavirus) eller matsmältningsbesvär, såsom laktos eller fettintolerans (steatorré på grund av bukspottkörtelinsufficiens eller gallstasis).
Avföringens pH påverkas av ämnets kostvanor; till exempel dieter som är alltför rika på kött och mejeriprodukter gör avföringen mer alkalisk. Den fördärvade tarmbakteriefloran, i själva verket, rivar aminosyrorna som har undgått absorption och genererar giftiga och illaluktande aminer; följaktligen tenderar avföringens pH att öka till följd av den ökade produktionen av ammoniak. Det är därför ingen slump att ett fekalt pH-värde som är för alkaliskt, åtföljt av en minskning av kortkedjiga fettsyror (se butyrat), har kopplats till en ökad risk för kolorektal cancer.
Om avföringens pH tenderar att öka i närvaro av putrefaktiv dysbios, tenderar det att minska i närvaro av fermentativ dysbios, vars orsaker finns i överdriven intag av kolhydrater eller vid dålig absorption av densamma ( celiaki). Även i närvaro av ett "rikligt lipidintag, i vegetarisk kost och vid långvarig fasta blir avföringens pH surt.
För att undvika förvrängning av testresultaten får avföringen inte vara förorenad med urin och måste snabbt förvaras i kylskåp för att förhindra att urin ammoniak och putrefaktiva bakterier gör pH -värdet alkaliskt.